Στους αρχαίους χρόνους, σύμφωνα με τις περιγραφές του Ηροδότου, η περιοχή της Κερκίνης είχε αρκετά διαφορετική μορφή από τη σημερινή. Ο ποταμός Στρυμώνας κατεβαίνοντας από τη Βουλγαρία, περνούσε ορμητικά από τα στενά που τώρα ονομάζονται Ρούπελ και μπαίνοντας στην κοιλάδα των Σερρών έχανε την ορμή του αποθέτοντας τις φερτές ύλες. Σχημάτιζε έτσι τη μικρή λίμνη Πρασιάδα και συνεχίζοντας νοτιότερα δημιουργούσε την πολύ μεγαλύτερη λίμνη Κερκινίτιδα. Από αυτήν το νερό έφευγε προς τη θάλασσα με υπερχείλιση.
Στο πέρασμα των αιώνων οι φερτές ύλες πρόσχωσαν τις λίμνες και δημιούργησαν μεγάλες εκτάσεις από βάλτους, καλαμιώνες και μικρές εποχιακές λίμνες. Ζούσε εδώ ένας μεγάλος αριθμός υδρόβιων και αρπακτικών πουλιών.
Η εικόνα της περιοχής άλλαξε μετά τη Μικρασιατική καταστροφή και την εγκατάσταση 85.000 προσφύγων στην πεδιάδα των Σερρών. Οι πλημμύρες του Στρυμόνα και η ελονοσία έκανε τη διαβίωσή τους δύσκολη. Έτσι, ανάμεσα στο 1928 και το 1932 έγιναν έργα αποστράγγισης που άλλαξαν για πάντα τη μορφή της περιοχής. Το φράγμα που έγινε στο Λιθότοπο δημιούργησε τη λίμνη της Κερκίνης και κρατά τις φερτές ύλες του ποταμού. Συγχρόνως βοηθά στην άρδευση της πεδιάδας των Σερρών. Το χειμώνα κλείνουν οι πόρτες του φράγματος ώστε να συγκεντρωθεί το νερό που χρειάζεται για τις ανάγκες της άρδευσης στους καλοκαιρινούς μήνες. Η μεγάλη ποσότητα των φερτών υλών μειώνει όμως τη χωρητικότητα του ταμιευτήρα με αποτέλεσμα τις καταστροφικές πλημμύρες των ετών 1955, 1956, 1962 και 1963. Έτσι, σε συνάρτηση και με τις αυξημένες ανάγκες άρδευσης, νέα έργα έγιναν στην περιοχή με σκοπό την άνοδο της στάθμης της λίμνης. Αυτά περατώθηκαν το 1982 και είχαν δραματικές επιπτώσεις στο ευαίσθητο οικοσύστημα του βιότοπου: Εξαφανίστηκαν οι καλαμιώνες και τα δάση στις όχθες του Στρυμόνα με επακόλουθο την καταστροφή της κατοικίας πλήθους πτηνών και τον περιορισμό του αριθμού αλλά και της ποικιλίας της πανίδας. Από τα μεγάλα κοπάδια των νεροβούβαλων, λίγα απέμειναν πλέον. Τα είδη των ψαριών λιγόστεψαν και μαζί οι θηρευτές τους, τα πουλιά.
Παρόλα αυτά, η περιοχή είναι ένας από τους σπουδαιότερους υγροτόπους της χώρας, που προστατεύεται από τη συνθήκη Ραμσάρ.
Πάνω από 300 είδη πουλιών ζουν εδώ: Ερωδιοί, χουλιαρομύτες, λαγγόνες, χαλκόκοτες, καλαμοκανάδες, νεροχελίδονα, γλαρόνια, κορμοράνοι κ.α. Είναι εντυπωσιακό το ότι οι αργυροπελεκάνοι, ένα απειλούμενο είδος που αριθμεί μόλις 3 – 4.000 ζευγάρια σε ολόκληρο τον κόσμο, φωλιάζουν στη Μικρή Πρέσπα και ταξιδεύουν καθημερινά μέχρι την Κερκίνη για να αναζητήσουν την τροφή τους.
Από τη χλωρίδα της περιοχής, εκτός από τα καλάμια τα βάτα και τα νούφαρα ξεχωρίζουν οι αγριοτριανταφυλλιές, οι φουντουκιές, οι κρανιές, οι φράξοι οι φλαμουριές και τα άπειρα πολύχρωμα αγριολούλουδα.
Στο χωριό Κερκίνη υπάρχει οργανωμένος ξενώνας και οικοτουριστική επιχείρηση που αναλαμβάνει την ξενάγησή σας με τζιπ ή και με βάρκα στην περιοχή της λίμνης και την παρατήρηση των πουλιών. Μπορείτε να συνδυάσετε την επίσκεψή σας με ανάβαση στο Μπέλες ή με τη γνωριμία των οχυρών του Ρούπελ.